Kanserde biyoinformak ve sistem biyolojisi yaklaşımları

Kanser gelişimi, progresyonu ve edavi direnci ile ilişkili moleküler mekanizmaların büyük ölçekli veri analizleri ile oraya konulması.

• Mikrodizin ve RNA -Seq verilerinin diferansiyel gen/mikroRNA ifade analizleri

• Kopya sayısı değişimleri (CNV ) ve mutasyon analizleri

• Protein-ilaç ve protein–protein etkileşim ağlarının oluşturulması

• Tedavi hede olabilecek aday genlerin ve bunlarla ilişkili krik düzenleyici moleküllerin tanımlanması

Kanser Kök Hücreleri ve Tedavi Direnci Mekanizmaları

Kanser kök hücrelerinin edaviye direnç ve ümör nüksündeki rollerinin moleküler düzeyde aydınlalması.

• Glioblastom kanser kök hücrelerinde yüksek ifade edilen genlerin belirlenmesi

• Kök hücre belirteçleri ve transkripsiyonel düzenleyicilerin analizi

• Kanser kök hücrelere özgü terapök hedeerin tanımlanması

• Tümör Baskılayıcı Gen veya Onkogenlerin Tanımlanması Farklı kanser ürlerinde ümör baskılayıcı genlerin kaybı ve onkogen akvasyonlarının fonksiyonel ve ağ emelli analizi.

• Rekürrent delesyon bölgelerinde yer alan tümör baskılayıcı genlerin belirlenmesi

• Kromozomal bölgelerle ilişkili biyolojik süreçlerin incelenmesi